基督为了叫我们与祂有交通，并得到祂的恩益，所以祂不单使用浇灌给教会的圣灵，同时也使用为了教诲与引导而赐下的《圣经》。于是祂建立了二者之间的关系，且此关系对于基督以先知、祭司与君王的职分的运作极有贡献。但若想对此关系有正确的观念，或予以清晰的解说，则颇非易事。论到《圣经》与圣灵的关系，实在是众说纷纭，莫衷一是，而且这些不同的见解也一直延续至今。

一方面，有些人认为只要传扬圣道就够了，但却忽视了圣灵的工作。从前有伯拉纠的跟从者，现今也有人追逐此异端。他们根本视基督教为一项教义，认为主耶稣基督只不过是一位高尚的模范，并将福音当作一种新的律法。他们主张罪的确使人软弱、衰败（却不是说那人在属灵上死了），然而他仍保有意志上的自由，故主张只要传福音就够了。如果人有听信福音的倾向，他就可来追随主耶稣基督的榜样过生活，根本不需要圣灵重生感化的工作。他们否认并攻击圣灵的位格与神性，认为圣灵只不过是从神（特别是从基督）而来的能力，而且仅是在教会中促进一种道德的性质与理想的目的而已。

还有些人则遵循另一种不同的思想路线。他们被称为奋锐党、反律主义者、狂热分子或神秘派，他们大谈特谈圣灵，但在人的改宗信主上，却轻视《圣经》，不给予其什么地位。他们认为《圣经》和传福音并没有什么属灵的实质在内，只不过是一种象征而已。圣道的本身是死的，只不过徒具虚文，并不能穿透或侵入人心，也不能将新生命的真理移植入人心。圣道只能在人心中光照感化而已，并不能改变人心。惟独借着圣灵，才能改变人心。从神来的圣灵能立即穿透人心之深处，并使人享有《圣经》所象征的那个实际。因此，他们认为属灵人是直接从神而生，并由神所教导，惟独这样的人才能了解《圣经》，有时他或用《圣经》作为标准与指导的真理，但《圣经》却不是他宗教知识的来源，因为他是直接受到圣灵的教导，并且是在《圣经》以外逐渐成长。

当圣灵的感化逐渐将人心从《圣经》解放时，人心也就脱离了基督的位格与整个历史基督教而独立。而在其进一步的发展上，神秘主义就成了唯理主义。因为当圣灵内部的活动与《圣经》的话脱节时，那也就失去了其特殊的位格。如此一来，就使神的灵在人理性中的工作与良心中的一般活动泾渭难分了。根据此种见解，神与祂的圣灵生来就住在人里面，而人从有生以来就有神的话写在心中。关于此点，基督仅具些微的影响力。某些真实的事并非是因为记载在《圣经》中，乃是因为它本身就是真实的。基督教是原始的天然宗教，和世界一样久远，至于它的本质则为所有历史宗教的根基。神秘主义总是而且屡次地变成唯理主义，而唯理主义则又定期地变回神秘主义。二者常是走极端，后又彼此接触，最后则握手言和。

基督教会向来企图避免这些异端，并保持《圣经》与圣灵之间的关系。可是为了避免这些，教会在一些信仰告白中却遵循了不同的路线。例如天主教就不将《圣经》与教会传统视为真正的蒙恩之道，认为只不过是为求得真理的一种资料而已。对真理在理性上的了解就称之为信。但因为这样的信心纯系一种同意，所以在得救上是不够的，只能作为达到得救目的的初步预备。天主教认为真正的救恩是在圣礼中初次实施的，这样，天主教就承认圣灵的工作在教会的设立与维持上，在教导、牧养与讲坛服侍上，其次在借着圣礼赐给信徒的超自然恩惠、德性与恩赐上是超乎一切的。

为了反对将圣灵拯救的行动与《圣经》分离的企图，也为了反对将圣灵的工作仅仅从属于圣礼的企图，宗教改革运动因而兴起捍卫真道。此运动不仅恢复了《圣经》是真理（包括传统）的惟一、清晰与充分的来源，同时也尊荣《圣经》，视《圣经》是蒙恩之道，并且恢复了《圣经》在与圣礼的关系中原初的地位。此时宗教改革运动感到有必要更深地反映《圣经》与圣灵的关系，它之所以要如此加倍地努力，乃是因为所有的古老异端此时都已复起，并且都拥有强力的支持者。当索西奴派人士重拾亚利乌与伯拉纠的教训，视福音为一种新的律法，认为不需要圣灵的特殊行动时，重洗派人士也再度采取神秘主义的道路，高举内在的话语，并说《圣经》是死的，只不过是空洞的象征而已。

若想重回正路，实需大费周折。在路德宗与改革宗教会内，他们采取了不同的路线。路德宗将《圣经》与圣灵合而为一，冒着二者彼此认同的危险，并失去其间的区分。他们甚至将圣灵的拯救之恩包括在圣道之内，并且只能借着《圣经》才能让基督进入人心。《圣经》既然是借着圣灵而存在，那么圣灵使人改变的能力也就住在圣道当中，可以说就是将圣灵放在一个器皿中。正如面包具有内在的滋养力一样，所以《圣经》也从产生它的圣灵领受了救人的内在属灵力量。因此，《圣经》不仅被认为有光照人心、感化人道德意志的能力，同时借着圣灵内在的感化，也有一种重生与拯救的能力。圣灵除了借着《圣经》之外，不然是无法工作的。

改革宗教会绝不采取此种见解，因为在此问题上，有限的不能了解无限的原则是适切的。圣道与圣灵很可能有密切的关联，但却不能混为一谈。圣灵有时的确未借着圣道工作。当圣灵之所以与圣道联合时，是出于祂的自由意愿。圣灵常常按着祂的美意与圣道一同工作，并且在传扬圣道之处就是在恩典之约的范围中，在教会的团契中工作。圣灵并不是像路德宗所说活在《圣经》或传讲的圣道中，乃是活在基督永活身体的教会中。圣灵也并不是借着圣道，就好像借着祂能力的器皿工作一般。虽然圣灵是借着圣道同心协力地工作，但却是圣灵自己穿透人心，更新人意，使人得着永远的生命。